Tiene como fin el estudio de los pacientes que presentan crisis convulsivas y no convulsivas de difícil manejo y que, por lo tanto, no responden al tratamiento convencional con medicamentos. Primero se hace una selección de todos aquellos candidatos a cirugía; en una segunda etapa se identifica, mediante un protocolo estricto de pruebas neurofisiológicas, el foco que produce crisis y, finalmente, se realiza la cirugía con un seguimiento postoperatorio cuidadoso para incorporar al paciente a una actividad normal lo antes posible. Dentro del estudio neurofisiológico realizado a estos pacientes se encuentra la combinación de elementos utilizados tradicionalmente, tales como el electroencefalograma de superficie, potenciales evocados en conjunto con el empleo de técnicas más sofisticadas, como el registro de electrodos y mallas colocadas quirúrgicamente entre el cerebro y la duramadre para localizar la ubicación del o los focos epileptogénicos, es decir, los sitios que provocan las crisis epilépticas. A través de estas formas precisas de identificación se realiza la cirugía necesaria, ya sean procedimientos de lesión o de neuroestimulación. Los primeros se refieren a aquellos en los cuales se quita el foco mediante el corte de una parte del cerebro, como la resección del lóbulo temporal, del cuerpo calloso o de otras áreas; por su parte, la neuroestimulación es, sin lugar a dudas, una de las "puntas de lanza" de la investigación clínica nacional e internacional, en la cual se emplean electrodos para estimular el núcleo centro mediano en una zona profunda del cerebro llamada tálamo. En un seguimiento a largo plazo se ha comprobado que esta estimulación ha conseguido disminuir, entre 80 y 100% el número de crisis en pacientes que sufrían hasta 1,000 crisis mensuales, con lo cual se logra que los pacientes se reincorporen a su vida funcional.

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